Una década despúes de los eventos de La Amenaza Fantasma, la República esta en crisis. Un movimiento separatista (secretamente dirigido por el Conde Dooku, un antiguo Maestro Jedi) amenaza la paz. La senadora Padmé Amidala, anterior Reina de Naboo, vuelve al Senado Galáctico para ofrecer su voto en la creación de un Gran Ejército de la República, aunque no haya suficientes Jedi para mantener la paz y el orden en la Galaxia.

Apenas aterriza su nave en Coruscant, es víctima de un intento fallido para asesinarla. En el atentado muere Cordé su doble. Como resultado, el Canciller Palpatine le pide al Gran Maestro Jedi que Obi-Wan Kenobi y su padawan Anakin Skywalker se encarguen de su seguridad. Esa misma noche, un misterioso cazarrecompensas intenta asesinar a la senadora. Pero Anakin Skywalker logra salvarle a tiempo e inicia una persecución por los cielos de la ciudad, finalizada la persecución y justo en el momento cuando el joven Padawan y su maestro intentan averiguar la identidad de la persona que contrató a la cazarrecompensas, otro cazarrecompenzas la mata.

Después de estos acontecimientos el Alto Consejo Jedi le pide a Obi-Wan que encuentre al asesino misterioso.

Tambien el Consejo le asignó a Anakin la tarea de proteger a la Senadora y escoltarla hasta Naboo y una vez allí protegerla. Anakin aprovecha la ocasión para estar solo por un tiempo alejado de las fricciones y de los roces producidos por las amonestaciones y las críticas de Obi-Wan, su maestro. El Senador Jar-Jar Binks asume las responsabilidades de la Senadora en su ausencia.

Durante la investigación, Obi-Wan Kenobi llega al misterioso planeta Kamino, donde descubre que un ejército secreto de clones ha sido creado para la República. Es informado por los indígenas que el ejército fue ordenado aproximadamente diez años antes por un Jedi llamado Sifo-Dyas, creído muerto por el Consejo Jedi desde diez años atrás. Un cazarecompensas llamado Jango Fett fue empleado para ser la plantilla de los clones. Obi-Wan se encuentra con Fett en Kamino y cree que es el asesino que ha estado tratando de atrapar. Tras evitar la captura, Obi-Wan planta un rastreador en la nave de Jango y lo sigue hasta el planeta Geonosis.

En Geonosis, Obi-Wan escucha una conversación entre el Conde Dooku y el virrey de la Federación de Comercio y descubre que están detrás del movimiento Separatista y que han construido un nuevo ejercito de droides. También se da cuenta que Nute Gunray fue quien ordenó el asesinato de Padmé Amidala. Relata sus descubrimientos al Consejo justo antes de ser capturado.

Mientras tanto, Anakin Skywalker y Padmé Amidala habían estado pasando mucho tiempo juntos, y Anakin revela su amor por ella. Padmé resiste, insistiendo que seria imposible que los dos estuvieran juntos, ya que ella es una Senadora, y él un Jedi. Anakin se enfada, y sufre un conflicto interno entre su amor y su deber como Jedi.

Anakin también es perturbado por el presentimiento de que su madre está en un grave peligro, y le pide a Padmé que le acompañe a su planeta Tatooine (desobedeciendo a Obi-Wan, quien le mandó quedarse en Naboo. Cuando llega, averigua que su madre ha sido raptada por los bandidos tusken. Viaja por la noche y encuentra a su madre agonizante. Tras intercambiar unas palabras con ella, muere en sus brazos. Enfurecido, mata a toda la tribu tusken. Mientras tanto, en Coruscant, Yoda siente fluir el sufrimiento y el lado oscuro proviniendo de Anakin. Anakin trae de vuelta el cuerpo de su madre a su casa para su funeral.

Ahora que el Consejo Jedi sabe sobre el ejército de Dooku, Mace Windu lleva un grupo de Jedi a Geonosis. Desconocido a ellos, Anakin y Padmé, también van a Geonosis a liberar a Obi-Wan. Mientras tanto, el Representante Binks propone que el Canciller sea investido con poderes de emergencia con los que podrá enviar el ejercito de clones a la guerra.

n Geonosis, Dooku trata de convencer a Obi-Wan a que se una a él, diciéndole que Darth Sidious tiene control del Senado. Obi-Wan no le cree, insistiendo que si fuera así, el Alto Consejo Jedi lo sabría.

Anakin y Padmé son capturados y llevados a la arena de ejecución. Es ahí donde se libra la Batalla de Geonosis, cuando todos los Jedi aparecen y se enfrentan a los ejércitos droide de la Confederación de Sistemas Independientes. Cuando los Jedi creen que perdieron, aparece Yoda con los Soldados clon para rescatarlos iniciándose así las Guerras Clon.

Ante la inminente victoria de la República durante la batalla, Dooku decidió llevarse los Planos de la Estrella de la Muerte a la seguridad de su Maestro en Coruscant. De camino a su Hangar privado, es descubierto. Anakin y Obi-Wan persiguen a Dooku en un LAAT/i hasta un hangar secreto, pero dos cazas geonosianos lo protegieron, sin embargo antes de poder despegar y mientras el droide piloto FA-4 preparaba el vuelo tuvo que enfrentarseles. Obi-Wan es rápidamente herido y Dooku le amputa el brazo derecho a Anakin. En ese instante, el Gran Maestro Yoda aparece y confronta al malvado Lord Sith, pero éste crea una distracción para poder escapar. Cuando estaba escapando Padmé Amidala y un grupo de Soldados clon, para evitar su escape, le dispararon a la nave pero no afectaron en nada sus escudos.

Ya terminada la batalla, Dooku se reúne en un distrito industrial de Coruscant con su maestro Darth Sidious y le confiesa que todo está sucediendo como lo planearon. Obi-Wan le cuenta a Mace Windu que el Conde Dooku le reveló que un maestro Sith llamado Darth Sidious controla el Senado Galáctico. Yoda dice que la Guerra Clon ha comenzado.